Both ENDS is gecertificeerd volgens ISO 9001:2015 door EIK Certificering. Dit is de internationale norm voor kwaliteitsmanagementsystemen. Jaarlijks vindt er een audit plaats om te controleren of ons kwaliteitsmanagementsysteem nog steeds aan de norm voldoet.
Both ENDS is ook gecertificeerd volgens de Partos 9001-norm. Partos is de branchevereniging voor ontwikkelingsorganisaties. Zij maakten een sectorspecifieke toepassing van de ISO 9001:2015-norm.
Both ENDS is door de belastingdienst aangewezen als een Algemeen Nut Beogende Instelling (ANBI). Zie ook het "Standaardformulier publicatieplicht Fondswervende instellingen".